L’histoire nous parle du jeune Comte Ciel Phantomhive, un aristocrate anglais du xix^e siècle au passé tourmenté.

Âgé de 12 ans et ayant perdu ses parents dans un incendie inexplicable, il se voit devenir l’héritier de l’entreprise de jouets et friandises Phantom. Il habite dans un mystérieux manoir à la campagne, aux abords de Londres, en compagnie de ses domestiques.

On apprend par la suite que son fidèle majordome nommé Sebastian Michaelis est en fait un démon des enfers avec qui il aurait passé un pacte. En effet Sebastian se serait présenté à Ciel, alors sur le point de mourir, et lui aurait proposé un contrat : son âme en échange de sa protection jusqu’à l’accomplissement de sa vengeance. Le signe du pacte, un pentacle, se trouve à son œil droit, qu’il garde toujours caché sauf lorsqu’il a besoin de faire appel à son majordome protecteur. Sebastian a le signe du pacte sur sa main gauche.

C’est ainsi que Ciel et son majordome se mettent à résoudre différentes énigmes, en général surnaturelles, sur ordre de la reine Victoria du Royaume-Uni. Ciel est ce qu'on appelle dans le manga, le « chien de garde de la Reine », c'est-à-dire son détective privé. Il est aussi très perspicace et sûr de lui (pour son âge) lorsqu’il s’agit de mener une enquête, doublant souvent Scotland Yard dans leurs investigations…

Néanmoins le mystère reste omniprésent dans la série.